حسب المادة الثالثة عشرة والمادة الرابعة عشرة والمادة الخامسة عشرة من لائحة الجامعات الأهلية يكون للجامعة مجلس يسمى مجلس الأمناء يشكل بقرار من الوزير لمدة ثلاث سنوات قابله للتجديد على النحو التالي: مدير الجامعة، وخمسة من أعضاء هيئة التدريس بالجامعات أو مؤسسات التعليم العالي الأخرى بدرجة أستاذ مشارك على الأقل يختارهم الوزير، وممثل للوزارة، و اثنا عشر عضواً تختارهم المؤسسة الخيرية أو الشركة اثنان منهم على الأقل ممن يعملون أو يعملون أعضاء هيئة تدريس في مؤسسات التعليم العالي من غير المؤسسين أو من العاملين في الجامعة. ويجوز زيادة عدد أعضاء مجلس الأمناء بقرار من الوزير متى اقتضت الحاجة ذلك ويختار مجلس الأمناء من بين أعضائه رئيساً ونائباً للرئيس على ألا يكون مدير الجامعة أحدهما.

يتم تحديد صلاحيات مجلس الأمناء في النظام الأساسي للجامعة حيث يجتمع مجلس الأمناء مرتين على الأقل في العام الدراسي، ولا يصح الاجتماع إلاّ بحضور ثلثي أعضائه، وتصدر قراراته بأغلبية ثلثي أصوات الأعضاء الحاضرين، وتكون قرارات المجلس نافذة من تاريخ صدورها فيما عدا القرارات المتعلقة بتعيين مدير الجامعة ووكلائها وعمداء الكليات والعمادات المساندة ووكلائهم، وكذا القرارات المتعلقة لاعتماد نظام الجامعة، والقرارات المتعلقة بالجوانب الأكاديمية فتكون نافذة ما لم يرد عليها اعتراض من الوزير خلال شهر من تاريخ وصولها إليه وفي حال عدم موافقة الوزير عليها يعاد عرض القرار مرة أخرى، فإن بقي المجلس على رأيه رفع الأمر إلى مجلس التعليم العالي للبت فيه.

يختار مجلس الأمناء أحد أعضائه ليتولى أمانة سر المجلس، ويشرف على تدوين محاضر جلساته، وعلى إرسال جدول أعماله إلى الأعضاء قبل موعد اجتماعاته بوقت كاف، ويتلقى اقتراحات الأعضاء بشأن جدول الأعمال ، ويقوم بإعداد مشروع جدول أعمال كل اجتماع وعرضه على رئيس مجلس الأمناء لإقراره وإرفاقه بالدعوة للاجتماع.