تحتوي الكلية على مركز تعقيم مجهز بأحدث التقنيات في التعقيم.
حيث يعتبر مركز التعقيم في كلية طب الأسنان من أهم أقسام الكلية ويتم في المركز تعقيم جميع الأدوات المستخدمة في العيادات وذلك بعد فرزها وغسلها وتطهيرها وتغليفها وقد تم تجهيز المركز بأحدث الأجهزة ذات قدرة تشغيلية عالية تلبي احتياجات المستشفى مع مراعاة المعايير العالمية في البنية التحتية للمركز. ويعمل بالمركز عدد من فنيي التعقيم المتخصصين في إجراءات التعقيم وتطبيق نظام مكافحة العدوى حسب أحدث المعايير العالمية.
ويتألف من ثلاث وحدات:
1 – وحدة الغسيل والتطهير
2- وحدة الفرز والتغليف
3 – وحدة التعقيم